本作的故事发生在20世纪末，英国国教骑士团“Hellsing”是专门歼灭对抗大英帝国和英国国教的反基督怪物的特殊机关，其王牌是拿着常人无法使用的大口径手枪的吸血鬼阿尔卡特。阿尔卡特是服从于贺鲁希沽家族的古老吸血鬼，在一次任务中转化了被狭持的女警西洛斯，之后两人就以主仆的关系进行任务。在接下来的一次任务中，因为与政教对立组织“梵谛冈法皇厅第13课”发生辖区冲突，对方的王牌——安德鲁神父向身为吸血鬼的两人展开攻击，所幸在全面开战前，贺鲁希沽当家伊特古拉与法皇厅接洽，中断了战斗。之后出现了一连串不寻常的人造吸血鬼肆虐事件，线索指向一个秘密的组织“千禧年”，这个组织由躲藏在南美洲的德国纳粹残党所建立，领导者是狂热于战争的少校，在他的指挥下，千名党卫军接受改造成了不死的吸血鬼军团“最后的大队”。另外，少校直属的“狼人部队”拥有超乎常识的超自然能力以及杀戮的意志，也成了相当恐怖的敌人。他们的目标是：消灭阿尔卡特以及Hellsing，毁灭英国，将无尽的战火再度带到这世界上。Hellsing的现任当家伊特古拉不得已与第13课合作，但是拥有强大军团的第13课长官马克斯威尔却有着自己的打算，使得情形更加复杂。经过好几次前哨战，阿尔卡特轻而易举歼灭了数名千禧年大将，但Hellsing的管家瓦特被击败并俘虏。终于，最后的大队以及狼人部队对伦敦发动歼灭战，潜伏的吸血鬼支持者也倾巢而出。英国各处死伤惨重，Hellsing也元气大伤，马克斯威尔趁机发动第九次十字军登陆战，企图坐收渔翁之利，让国教徒永远从英国消失。英国女王也宣布在最后手段下，将动用核武攻击已为死城的伦敦。然而在阿尔卡特发动“死河”、释出体内吸收的大量魂魄后，最后的大队以及十字军迅速溃败，第13课也近乎毁灭。西洛斯与狼人部队的最强成员上尉战斗，起初实力差距悬殊，但因为佣兵队长的牺牲，使西洛斯大幅成长，成功将对方击毙。血腥的黎明来到之前，三方的战力已剩下各自最后的底牌。安德鲁神父使用圣器变成不死怪物，与阿尔卡特决战，缠斗过后仍不敌而死。瓦特投靠千禧年，获改造为吸血鬼，一心想挑战阿尔卡特，遭到对方击退后，任由自己在爆炸中身亡。就在阿尔卡特似乎消灭了所有强力对手时，少校的手下休雷丁准尉（薛定谔的猫），以自杀的方式融入阿尔卡特的死河之中，透过观察自我存在之意识的消失，把阿尔卡特的生命融合存在化为虚数，借此消灭阿尔卡特存在的事实。故事的最后，伊特古拉与女警杀了少校，结束伦敦的一场恶战，共有上百万人丧生。三十年后的2030年，世界各地从吸血鬼事件中渐渐复苏。阿尔卡特在自己的意识之中大战，历经三十年不停的杀，把所有吸收来的生命全部杀光后，杀到只剩下唯一一个意识之后终于重返现实世界，回到英国伦敦与伊特古拉重逢。