在21世纪初，人类因全球暖化的影响而失去了大半的陆地。此时，在世界各地突然出现了搭载着神秘超兵器、正体不明的敌人，被人类称为雾之舰队的战舰群。雾之舰队以压倒性战斗力把人类驱逐出海洋，切断各大陆与岛屿之间的联系，令人类的文明和繁荣大幅衰退。对雾之舰队毫无招架之力的人类虽然失去了海洋，但并未放弃，并一直谋划着对雾之舰队的反击之日。故事始于被称为“大海战”的人类联合国军最终决战舰队（国联军最终决战舰队）和「海雾」大型舰队（雾の大舰队）首次交战并惨败的2039年。17年后，原士官候补生千早群像与其同伴们搭上叛离雾之舰队的潜水舰伊401，并与伊401的心智模型伊欧娜一起接受突破雾之舰队的海洋封锁、运送人类反击的希望的委托。
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